Στο παρασκήνιο της Μάχης της Κρήτης, βρίσκεται και η κρυπτογραφία που δίνει από μόνη της τις διαστάσεις και την εμβέλεια της Operation Merkur. Έτσι όλα τα μηνύματα είναι κρυπτογραφημένα από τη γερμανική μηχανή Enigma. Δεν πρόκειται λοιπόν για μια ασήμαντη επίθεση χωρίς προετοιμασία, αλλά για έναν στρατηγικό στόχο που δεν αποτελείται από την ίδια την Κρήτη σε τοπικό επίπεδο, αλλά από τη θέση της σε μια ολική προσέγγιση της Ανατολικής Ευρώπης και της Ανατολικής Μεσογείου. Τα σχέδια εισβολής μεταδίδονται στα σώματα κρούσης, αλλά οι Σύμμαχοι έκαναν υποκλοπές και τα αποκρυπτογράφησαν με τη μηχανή Bombe στο Government Code and Cypher School στο Bletchley Park χάρη στον μαθηματικό Alan Turing. Με αυτόν τον τρόπο ο Στρατηγός Bernard Freyberg ως αρχηγός της Creforce, λαμβάνει συνθέσεις που αποτελούνται από τα αποκρυπτογραφημένα μηνύματα. Το πρόβλημα είναι ότι μερικά από αυτά είναι σε κακή κατάσταση κι όχι ολοκληρωμένα κι άλλα δεν διαβάζονται. Επίσης είχαν πληροφορίες για τον γερμανικό στρατό που δεν ήξεραν να ερμηνεύσουν οι ειδικοί αναλυτές της Συμμαχίας. Το πιο σοβαρό πρόβλημα είναι ότι ο Στρατηγός δεν έχει δικαίωμα να συζητήσει με το επιτελείο του για αυτά τα μηνύματα. Βλέπει μόνο μια φορά τη σύνθεση και στη συνέχεια αυτή καίγεται για λόγους ασφαλείας. Το αποτέλεσμα είναι ότι δεν υπολογίζονται σωστά μερικοί παράγοντες που είναι σημαντικοί για τη μάχη που θα γίνει. Η υπόθεση της απόβασης δεν απορρίπτεται και μάλιστα υπάρχουν και υπερβολές στις αναφορές. Ενώ η επίθεση με τους αλεξιπτωτιστές δεν εκτιμάται στον βαθμό που έπρεπε, ενώ θα παίξει ένα κυρίαρχο ρόλο. Οι δυνάμεις βρίσκονται και στις ακτές, ενώ αν είχαν βρεθεί μόνο στα αεροδρόμια το πρώτο κύμα των αλεξιπτωτιστών θα είχε εξουδετερωθεί εντελώς.